湿地公园共有维管束植物155科433属712种。其中蕨类植物27科49属73种；裸子植物4科4属4种；被子植物124科380属635种；双子叶植物106科300属502种，单子叶植物18科80属133种。其中湿地植物有81种，以马甲子、芫荽菊、半边莲、鼠麴草为主。

中国特有分布属在湿地公园内有3属，包括杉木属、盾果草属和少穗竹属3属，其中杉木属是常绿针叶林的建群种。湿地公园共有国家重点保护野生植物有5种，其中国家一级重点保护野生植物有南方红豆杉，国家二级重点保护野生植物有粗齿桫椤、樟树、花榈木、金毛狗等4种。兰科植物被列入濒危野生动植物种国际贸易公约（CITES）附录Ⅱ有7种，福建新纪录3种。

湿地公园有陆生脊椎动物资源411种。其中，鱼类5目15科78种，占福建省鱼类总种数的9.5%；两栖类2目6科27种，占福建省两栖类总种数的58.7%；爬行类3目11科47种，占福建省爬行类总种数的38.2%；鸟类17目43科210种，占福建省鸟类总种数的38.2%；哺乳类8目19科49种，占福建省兽类总种数的33.3%。

湿地公园有国家一级保护野生动物6种，国家二级保护野生动物46种；属《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录的有46种；属《世界自然保护联盟》（IUCN）濒危种有鼋、乌龟、豹、鬣羚等7种，易危种有鳖、蟒蛇、黄腹角雉、豺、黑熊、云豹、黑麂、河麂、水鹿等9种；属《中国濒危动物红皮书》的40种；福建省重点保护野生动物黑斑蛙、眼镜蛇、三宝鸟、毛冠鹿等29种；属“中日保护协定”鸟类68种，属“中澳保护协定”鸟类18种。